有机肥常用的发酵方法：槽式发酵、堆垛发酵、高温密封发酵罐。
有机肥发酵方法，这些设备应该以这种方式使用
槽式发酵需要建造地上或地下发酵罐，在发酵罐两侧之间的间隔内壁铺设滑轨，罐式分离在其上行驶。同时，系统具有轨道变化机制，实现不同发酵罐之间的转换。槽式发酵适用于大型农场，由于其一次处理能力大，设施设备投资高。
堆垛发酵不需要建造发酵槽，粪便堆积在硬化的光滑表面，堆积在一定的高度和宽度。托盘车工骑在堆上，通过滚筒或绞车旋转，自然风从桩两侧进入堆，为堆肥发酵提供氧气。拖盘酒精设施投资低，堆垛机形式多样，价格不同。
高温密闭发酵罐是在密闭发酵罐中进行的。温度、通风和混合可人工控制，具有无异味、醇循环短、营养损失少等优点。一次加工体积小，适用于家禽养殖场。
