1.营养。由于原材料本身的营养成分较低或发酵生产过程，一些企业的有机肥发酵，其营养成分不合格。此外，一些工厂甚至没有实验室，因此一批产品已经进入市场。一些企业发现营养成分不足，但他们不愿意添加化肥补充剂，这也使这些产品进入市场。没有化肥登记证的企业生产的产品在市场上不流通。它们通常直接面向用户，尤其难以监督。
2.pH值。pH值在原料本身就有所不同，在发酵过程中，pH值也有很大的变化。如果发酵过程没有得到很好的控制，就有可能发现pH值在8.5以上或者低于5.5。尤其是酸性过大的产品会导致作物生长受阻或死亡，而过碱的有机肥由于南方土壤普遍偏酸，危害不大。
3.氯离子含量。一般来说，没有人会测试氯离子的含量，但有些原材料含有大量的氯离子，特别是在严重避免氯的作物上，会有严重的问题。一些制造商还在有机肥料中加入氯化铵，以改善总营养中的氮，这也会导致氯离子含量的增加，影响作物的生长。
4.含盐量。肥料含盐量高，就像在有限的田地里撒一包食盐，农作物受到很大影响。一般来说，生活污泥.厨房垃圾等原料含盐量高，不耐盐的作物会出现黄叶.掉叶.萎蔫.死亡等现象。当堆肥EC值小于9.0ms/cm时，聂永丰认为堆肥EC值小于9.0ms/cm时，对种子发芽没有抑制作用。
5.阳离子交换量。一般来说，腐烂的有机肥料具有较大的阳离子交换量和保持肥料肥力[2]，具有较强的缓冲能力，对pH值和盐有很好的缓冲效果，对保持土壤良好状态起着非常重要的作用。如果没有腐烂的有机肥料，甚至没有在阳光下出售的粪便，阳离子交换量非常低，不能起到应有的缓冲作用。相反，它还会危及土壤本身的缓冲作用，导致作物生长障碍。
6.腐殖酸。新鲜原料几乎不含腐殖酸，腐殖酸是在有机肥发酵生产过程中不断产生的，尤其是高温发酵(50℃以上)。腐殖酸与铵.钾.钠结合，有刺激作物生长的作用，也有吸引作用，还可以提高作物的抗性，促进生产，促进发芽，腐殖酸可以提高土壤缓冲能力，因为它们的交换能力。
7.小分子脂肪酸。认为低级脂肪酸对种子萌发和植物生长有不利影响。小分子脂肪酸容易引起飞行，更容易观察，一般来说，小分子脂肪酸存在于未成熟的材料中，如新鲜鸡粪。其危害是，小分子脂肪酸可以抑制种子的发芽，抑制根系生长。
8.有机肥料直接与作物接触：一些用户担心肥料效果不够，或者希望尽快生效。使用时，有机肥料直接与作物接触，会导致严重的幼苗燃烧和死亡。
9.新鲜粪便：新鲜粪便中含有大量的病原菌和寄生虫直接使用，直接使用会危害作物根系影响种子萌发，滋生病虫害。
